影響潔凈棚的氣流因素很多，如制程設備、人員、潔凈室組裝材、照明器具等，同時對于生產設備上方氣流的分流點，亦應列入考慮因素。 一般操作臺或生產設備等表面的氣流分流點，應設于潔凈室空間與隔墻板間距2/3之處，如此可使作業人員工作時，氣流可從制程區內部流向作業區，而將微塵帶走；若分流點配置在制程區前方，將成為不當的氣流分流，此時大部份的氣流將流至制程區之后，作業員操作所引起的塵埃將被帶到設備后面，工作臺因而將受到污染，良率也勢必降低。
潔凈室內的工作桌等障礙物，在相接處均會有渦流現象發生，相對地在其附近之潔凈度將會較差，在工作桌面鉆上回風孔，將使渦流現象減少低；組裝材料之選擇是否恰當、設備布局是否完善，亦為氣流是否成為渦流現象之重要因素。
風機從FFU頂部將空氣吸入，經初效過濾器，高效過濾器過濾，過濾后的潔凈空氣在整個出風面以0.45m/s±20%的風速勻速送出到潔凈棚內。形成均流層，使潔凈空氣氣流呈垂直單向流，從而保證了工作區內所要求的潔凈度。 潔凈棚是能快速組建的簡易潔凈室,其具有安裝快速、施工周期短、價格低廉、移動方便等特點，把主要生產工序控制在較小的環境內也是潔凈室設計的合適選擇。
